下面我们就按照网络图的构成逐一进行讲解：
节点（node）
所谓的节点，就是我们要分析的基因。在一个网络图当中往往有数十个乃至上百个节点，那就意味着，我们需要分析的基因有数十个或者上百个。这些基因是怎么来的呢？这就跟我们的研究目的相关了，这些基因可能是我们筛选出来的差异表达的基因，可能是肿瘤患者中高频突变的一些基因，也可能是某一个miRNA的下游靶基因，抑或仅仅是你感兴趣的一群基因，都是可以的。
在进行网络图分析的时候，我们往往对基因的来源不做要求，只要是你认为有意义的一群基因，就OK了。但是，在基因的数量上，我们往往有一定的限制。因为，基因数少了，网络图中edge太少，图做不出来，或者做出来很丑；而基因数多了，网络图太大，导致没办法导入软件中进行分析，耗时太久，同时背景噪声和混杂影响也会更多。因此，我个人一般建议的要分析的网络图基因数量在50-300个左右，这样的网络图比较适中，不会太大，也不会太小。
连线（edge）
所谓的edge就是基因之间的相互作用关系。比如我随便列举两个基因：TP53和CXCL12，这两个基因是否有相互作用关系？我们通过何种方法进行判断呢？这是一个比较困难的问题。好在，有一些非常好的数据库帮我们解决了这一问题，比如最著名的就是STRING database。STRING (https://string-db.org/) 是一个非常全面的蛋白互作网络数据库，里面存储了非常多物种和基因的相互作用关系。我们只要把基因名字提交上去，就能够判定它们之间是否有互作关系了。
下面，我们就从实例出发，教大家如何制作一个发表质量的网络图。
PART1
研究内容
分析处理组和对照组共得到100多个差异基因，分析其相互作用关系，并找到其中的关键基因。
（测试数据见文末，关注科研猫公众号，后台回复网络图）
看到这个研究内容，可能一下子有点懵，不要紧，我们先来理理思路：有了基因，我们得分析基因互作，这一步好办，刚才已经讲了STRING数据库能做。那么有了基因互作，我们怎么做网络图？怎么分析关键基因呢？这个时候，我们就需要一个软件来帮我们实现了。 他是谁呢？大名鼎鼎的Cytoscape（Cytoscape最新版安装包见文末，联系胖雨小姐姐）。
Cytoscape（https://cytoscape.org/）是一套完整的网络图分析系统，它不仅仅是个软件，它还包含了一系列编程语言接口、app store等诸多内容，是网络分析领域的龙头老大。（突然发现，Cytoscape的主色调和我们科研猫居然是一致的，What a coincidence!）
e!）
Cytoscape能够帮我们实现基因互作的可视化网络图，并且通过其诸多分析插件帮我们找到这里面的关键基因，因此掌握Cytoscape之后，我们的这个问题就迎刃而解了。所以，理清思路之后，我们的研究方法如下。
PART2
研究方法
利用String数据库获取基因相互作用网络，并使用Cytosacpe软件对网络进行可视化和核心基因筛选。
那么，我们的分析步骤也就一目了然了：
Step1: 从 基因列表 到 基因互作
Step2: 从 基因互作 到 互作网络
Step3: 从 互作网络 到 关键基因
先给大家看看我们的分析结果，后面的教程中，我们会带领大家实际操作，逐一讲解这里面的分析步骤。
本期干货
网络图分析数据
&
Cytoscape安装包
关注“ 科研猫”公众号，后台回复关键词领取资料
更多科研新鲜资讯、文献精读和生物信息技能，请关注科研猫公众号
往期资源链接
R语言从入门到精通系列
从今天开始，每天学点R语言~（领取教材）
R语言从入门到精通：Day1 （领取安装包）
R语言从入门到精通：Day2 （领取RStudio操作视频）
R语言从入门到精通：Day3 （领取测试代码）
R语言从入门到精通：Day4 （领取代码）
R语言从入门到精通：Day5 （领取代码）
R语言从入门到精通：Day6 （领取代码）
科研作图系列
【科研猫·绘图】看·箱线图·如何美丽动人（代码分享）
【科研猫·绘图】优雅版·小提琴图（带R代码分享）
【科研猫·绘图】缤纷版·韦恩图（带R代码分享）
【科研猫·绘图】今夏最热的“热图”（带R代码分享）
【科研猫·绘图】朋友圈最火热的“火山图”（带R代码分享）
生存分析系列
【科研猫】生存分析的正确姿势（1）视频+R代码分享
【科研猫·出品】TCGA超大批量生存分析教程
GEO数据挖掘系列
GEO数据库挖掘（1）--SCI文章速成
GEO数据库挖掘（2）--快速锁定目标数据
挖掘GEO速成SCI文章系列教程（3）-R语言基础
重磅：GEO数据库挖掘教程（4）一体化分析代码（带视频+R代码分享）
GO/KEGG功能富集系列
3分钟了解GO/KEGG功能富集分析
干货预警：3分钟搞定GO/KEGG功能富集分析（2）
终极篇：3分钟搞定GO/KEGG功能富集分析-柱状图
终极篇：3分钟搞定GO/KEGG功能富集分析-气泡图
TCGA数据挖掘系列
隔壁实验室的“秃鹫”师兄又发SCI啦--TCGA数据挖掘实战
TCGA数据挖掘终结者：cBioPortal
生物信息入门系列
大咖聊“生信”—生物信息系列（1）
生物信息系列课程-R语言入门
以上内容均为“科研猫”公众号原创，严禁未经许可擅自转载及资源分享，如需转载，请申请获得许可。
我就知道你“在看”
返回搜狐，查看更多
windows系统如何设置启动项
男人那方面突然不行的原因